Otto Auer wurde am 4. Jänner 1966 geboren und stammt aus Höflein, Bezirk Bruck an der Leitha. Nach dem Besuch der Landwirtschaftliche Fachschule Obersiebenbrunn schloss er seine Ausbildung im Jahr 1988 mit der landwirtschaftlichen Meisterprüfung ab. Er bewirtschaftet in seiner Heimatgemeinde Höflein seit dem Jahr 1991 einen gemischten Ackerbau- und Weinbaubetrieb mit Schwerpunkt Schweinezucht.

In der bäuerlichen Interessenvertretung setzte er sich für seine Berufskollegen ab dem Jahr 2000 als Bezirkskammerrat, von 2004 bis 2010 als Kammerobmann-Stellvertreter und ab 2010 als Landeskammerrat in der Vollversammlung der LK Niederösterreich ein.

Ab dem Jahr 2000 war Auer zwölf Jahre lang Vorstandsmitglied im Verband NÖ Schweinezüchter und ab 2008 bis 2012 der Obmann dieses Verbandes. Als Obmann sorgte er für die Verbesserung der Rahmenbedingungen der niederösterreichischen Schweinehalter.

In der Land- und forstwirtschaftlichen Boden- und Grunderwerbsgenossenschaft für Niederösterreich war Auer von 2010 bis 2012 Vorstandsmitglied und ab 2012 Vorsitzender des Aufsichtsrates. Im Dezember 2013 wurde er zum Vizepräsidenten der Landwirtschaftskammer Niederösterreich gewählt. Er hatte dieses Amt bis 2019 inne.

Seit 12. Dezember 2019 ist Otto Auer Mitglied des Bundesrates. In diesem Gremium fungiert er als Stellvertretender Ausschussvorsitzender des Umweltausschusses, als Schriftführer des Finanzausschusses und als Mitglied in den Ausschüssen für BürgerInnenrechte und Petitionen des Bundesrates, für Innovation, Technologie und Zukunft, für Land-, Forst- und Wasserwirtschaft, sowie im Finanzausschuss, im Justizausschuss, im Landesverteidigungsausschuss, im Umweltausschuss und im Unterrichtsausschuss des Bundesrates.

Im Oktober 2021 übernahm Otto Auer die Funktion des ÖVP-Bezirksparteiobmann im Bezirk Bezirk Bruck an der Leitha.

Zusätzlich ist Auer Obmann des Absolventenverbandes der Landwirtschaftlichen Fachschule Obersiebenbrunn und seit 2005 Vorstandsmitglied der Leaderregion Römerland Carnuntum.

Otto Auer ist seit 2005 Bürgermeister seiner Heimatgemeinde Höflein. Als Bürgermeister war und ist er ständig bemüht, die Infrastruktur der Gemeinde zu verbessern. Neben der Erweiterung des Kindergartens konnte er zahlreiche weitere Infrastrukturmaßnahmen, wie den Neubau des Bauhofs in die Tat umsetzen. 

Auer ist verheiratet und Vater einer Tochter und zweier Söhne.